WHOで鍼灸の有効性を認められている「循環器疾患」は、心臓神経症、動脈硬化症、高血圧低血圧症、動悸、息切れです。「呼吸器疾患」でも、気管支炎、喘息、風邪および予防が認められ、「消化器系疾患」でも、胃腸病（胃炎、消化不良、胃下垂、胃酸過多、下痢、便秘）、胆嚢炎、肝機能障害、肝炎、胃十二指腸潰瘍、痔疾の有用性が認められています。
鍼灸の治療は、病気そのものの治療とともに、人間の持つ、自然治癒力を高め、免疫力を高めるものですから、内臓疾患やぜんそく等などにも効果があることが多いのです。しかし、内臓疾患や呼吸器の疾患の場合、専門の病院等でもきちんと検査、治療を受けて、医師に相談して、鍼灸治療を受けた方がよいでしょう。
内臓疾患の場合、ストレスが原因で胃痛になったり、ストレスからくるお酒の飲み過ぎで肝臓を悪くしたりといったこともあります。こういった場合には、体全体の機能を改善する鍼灸治療に、効果が期待できます。鍼灸ではストレスによって気の流れに乱れが生じ、気の流れが弱くなった臓器などの機能が低下すると考えるのですが、その気の流れを正しくすることで、臓器の機能がよくなると考えられています。鍼灸の治療では、自律神経の緊張を緩和して、心身をバランスをとれた状態に戻すとともに、内蔵疾患を回復に導いてゆくのです。
また、生活習慣病の予防にも鍼治療は有用です。鍼灸治療をすると、インシュリンホルモンが分泌がよくなり、血糖値も下がります。血中コレスとエロールを減少される効果もありますから、高血圧症や動脈硬化、肥満等の予防にもつながります。