WHOで鍼灸の有効性を認められている「運動器系疾患」には、次のものがあります。関節炎、リウマチ、頚肩腕症候群、頚椎捻挫後遺症、五十肩・腱鞘炎、腰痛、外傷の後遺症（骨折、打撲、むちうち、捻挫）。
これらの中で、リウマチ、頚肩腕症候群、頚椎捻挫後遺症、五十肩と、慢性の腰痛やギックリ腰などは、保険適用になります。交通事故の障害や後遺症などにも保険適用になるのですが、事故を取り扱っている保険会社の承諾を得てからの方がよいようです。医師の同意書が必要になる場合もありますし、不要な場合もあります。各保険会社によって、鍼灸治療に対しての取り扱いが違っています。もし、保険会社に保険適用ではないといわれた場合でも、（社）日本鍼灸会保険局から説明してもらうと、保険適用になる場合もあるそうです。
アゴが痛くなったり、食事をしている時にアゴが疲れてしまってよく噛めないなどの症状が出る顎関節症にも鍼灸治療は有効です。日本顎咬合学会の調査では日本人男性の１割、女性の２割に顎関節症の疑いがあるといわれています。有名人が額関節症になったというニュースも時々耳にしますよね。自覚症状がない場合が多いため、軽い症状で放っておいて、口が開かなくなってしまうということもあるみたいです。この顎関節症にも鍼灸が効きます。顎関節だけではなく、関節の諸症状に鍼灸は有効なことが多く、足が変形してしまう危険のある外反母趾や、腰に痛みが出る腰の椎間板ヘルニアなどにも、鍼灸治療の効果が期待できるようです。
ただし、肩、腰等の痛みの原因が内科的なものにある場合もありますから、強い痛みの場合は、病院で医師の診察を受けることもおすすめします。